법무법인(유) 화우

국회는 2024. 12. 10. 2024년 소득세법·법인세법·부가가치세법·조세특례제한법 등 총 13개 세법 개정안을 의결하였습니다.

국세기본법, 소득세법, 법인세법, 개별소비세법, 교통·에너지·환경세법, 주세법, 국제조세조정에 관한 법률, 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률, 관세법, 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률은 2024. 9. 2. 국회에 제출된 정부안이 원안 그대로 가결되었습니다. 반면, 부가가치세법과 조세특례제한법은 수정안이 가결되었고, 상속세 및 증여세법 개정안은 부결됐습니다.

이번 개정안의 주요 내용 및 정부안에 대한 수정 및 부결 내용을 소개하여 드립니다.

1.법인세법

2.소득세법

3.부가가치세법

4.조세특례제한법

5.국세기본법

6.국제조세조정에 관한 법률

7.정부안 수정 및 부결 사항

1. 법인세법

• 조각투자상품 신탁 과세 제외 
• *조각투자상품인 수익증권을 발행하는 신탁을 수탁자 과세대상에서 제외함(법인세법 제5조 제2항 개정).
• 인적분할 적격분할 요건 합리화
• * 자본시장법 시행령 개정안을 반영하여 인적분할시 자기주식에 대한 신주를 배정하지 않아도 적격분할로 보도록 지분의 연속성 요건을 합리화(법인세법 제46조 제1항 개정).

• 공시대상기업 중간예납세액 계산방법 합리화

•기업의 담세력 고려 및 기업실적에 따른 중간예납을 위해 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 공시대상기업집단에 속하는 법인은 중간예납기간 법인세액 기준(가결산 기준)으로 중간예납세액을 납부하도록 의무화함(법인세법 제63조의2 제1항, 제2항 개정).

• 연결법인에 대한 중소기업ㆍ중견기업 관련 규정 적용 방식 합리화

• 중소기업과 중견기업의 과세형평을 제고하기 위해 연결집단이 중소기업에 해당하면 중소기업인 연결법인에 중소기업 규정, 중견기업인 연결법인에 중견기업 규정을 적용하는 한편, 연결집단이 중견기업에 해당하면 중소기업 또는 중견기업인 연결법인 모두 중견기업 규정을 적용하도록 함(법인세법 제76조의22 개정).

• 중소기업에 대한 지원 강화를 위해 연결납세방식 적용에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하는 경우 법인세법 및 조세특례제한법 상 중소기업에 관한 규정이 적용되는 유예기간을 3년에서 5년으로 연장함(법인세법 제76조의22 개정).

• 외국법인의 경정청구권 신설

• 납세자의 편의 제고를 위해 비과세를 적용받지 못한 외국법인의 국채등 이자·양도소득에 대한 외국법인 또는 적격외국금융회사등의 경정청구권을 신설함(법인세법 제93조의3 제6항, 제7항 신설).

• 가상자산 거래내역 미제출 시 시정명령 및 과태료 부과 근거 신설

•가상자산소득에 대한 효율적인 과세 및 탈세 방지의 실효성 제고를 위해 가상자산 과세자료 의무자를 명확히 하고 과세관청에 미제출에 대한 시정명령권을 부여하고 불이행에 대한 제재 근거를 마련함(법인세법 제120조의4 개정, 법인세법 제124조 제3호 신설).

2. 소득세법

• 금융투자소득세 폐지

• 금융투자소득세를 폐지하고, 현행 주식 등 양도소득세 체계를 유지함(소득세법 제2장의2, 조세특례제한법 제14조 등 개정).

• 의제배당 계산방법 정비

• 합병대가의 정의를 ‘존속ㆍ합병신설법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액’에서 ‘존속ㆍ합병신설법인 주식 또는 출자지분의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액’으로 개정하여 의제배당의 계산방법을 명확히 함(소득세법 제17조 제2항 개정).

• 양도소득 이월과세 적용대상 자산 확대

• 양도세 회피를 막기 위해 주식을 증여받은 후 1년 내에 양도하는 경우에도 이월과세를 적용하도록 적용대상의 범위를 확대함(소득세법 제97조의2 제1항 개정).

• 외국인 직업운동가 원천징수 범위 확대

• 외국인 직업운동가인 거주자가 프로스포츠구단과의 계약에 따라 용역을 제공하고 소득을 받는 경우에는 계약기간과 관계없이 그 소득에 대해 20%의 원천징수세율을 적용함(소득세법 제129조 제1항 개정).

• 가상자산의 과세 유예

• 가상자산 이용자 보호 제도의 시행 상황 등을 고려해 가상자산에 대한 과세 규정의 시행 시기를 2025. 1. 1.에서 2027. 1. 1.로 2년 동안 유예함(소득세법 제37조 제5항, 소득세법 부칙, 법인세법 부칙 등 개정).

• 가상자산 취득가액 산정방법 보완

• 가상자산을 양도에 따른 취득가액 산정 시 실제 취득가액을 확인하기 곤란한 경우, 양도가액의 일정 비율(최대 50%)을 취득가액으로 의제하는 방법을 허용함. 단, 동종 가상자산 전체에 적용하고, 부대비용은 필요경비에 산입하지 않음(소득세법 제37조 제6항 개정).

3. 부가가치세법

• 부가가치세 수시부과 규정 신설

• 부가가치세를 포탈 또는 포탈할 우려가 있는 사업자에 부가가치세 수시부과 근거를 신설하려는 것으로, 재화 또는 용역을 공급하지 않고 세금계산서 또는 신용카드 매출전표를 발급하거나, 공급자 또는 공급받는 자가 아닌 다른 사람의 명의로 세금계산서를 발급·수취하거나, 실제보다 과다하게 공급가액을 기재하는 등의 경우, 해당 과세기간 개시일부터 부과사유가 발생한 날까지 부가가치세를 수시부과할 수 있도록 함(부가가치세법 제57조의 2 신설)

4. 조세특례제한법

• 연구개발의 개념 명확화

• 조세특례제한법상 연구개발의 개념ㆍ범위를 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한’에서 ‘과학적ㆍ기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인’으로 명확히 함 (조세특례제한법 제2조 제1항 제11호 개정).

• 창업중소기업 세액감면 제도의 합리화

• 창업중소기업 등에 대한 세액감면의 적용기한을 2024. 12. 31.에서 2027. 12. 31.까지 3년 연장.

• 고용증가 시 적용하는 감면율을 50%에서 100%로 인상하고, 연간 감면 한도를 5억원으로 설정.

• 과밀억제권역 외의 수도권 지역에 대한 감면율을 인하(창업중소기업: 50% → 25%, 청년ㆍ생계형: 100% → 75%)함 (조세특례제한법 제6조 개정).

• 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 확대

• 적용기한을 2024. 12. 31.에서 2027. 12. 31.까지 3년 연장

• 중소기업이 매출액 증가 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 그 해당하지 아니하게 된 과세연도 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제율을 신성장ㆍ원천기술연구개발비는 25%로, 국가전략기술연구개발비는 35%로 일반 중견기업 대비 5% 를 상향하고, 일반연구ㆍ인력개발비는 15%에서 20%로 상향함(조세특례제한법 제10조 제1항 개정).

• 연구ㆍ인력개발 출연금에 대한 과세특례 인정범위 확대

• 대상 출연금을 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 받은 연구개발 출연금으로 확대함(조세특례제한법 제10조의2 제1항 개정).

• 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제 합리화

• 세액공제 금액을 피인수법인 기술가치금액의 10%에서 5%에 상당하는 금액으로 인하.

• 취득기간을 ‘최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 종료일까지(최대 2년간 분할취득 가능)’에서 ‘최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 끝나는 사업연도 종료일까지(최대 3년간 분할 취득 가능)’로 확대(조세특례제한법 제12조의4 제1항 개정).

• 성과공유 중소기업 경영성과급에 대한 세액공제 등의 적용기한 연장 및 공제율 인하

• 법인세 공제ㆍ소득세 감면의 적용기한을 2027. 12. 31.까지 3년 연장하되, 기업ㆍ근로자 모두 지원하는 점을 고려해 법인세 공제율을 15%에서 10%로 인하함 (조세특례제한법 제19조 제1항 개정).

• 통합투자세액공제 점감구조 도입, 증가분 공제율 상향 및 적용기한 연장

• 중소기업이 매출액 등 증가로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 그 해당하지 아니하게 된 과세연도 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 자산 투자에 대한 세액공제율을 다른 중견기업 대비 (i) 신성장ㆍ원천기술 사업화시설 투자는 6% 에서 9%로, (ii) 국가전략기술 사업화시설 투자는 15%에서 20%로, (iii) 일반 투자는 5%에서 7.5%로 상향함.

• 국가전략기술(7개 분야)은 3년 연장한 2027. 12. 31.까지 투자하는 경우에 적용함.

• 투자 증가분(당해연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년 평균 투자액 또는 취득금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액)에 대한 추가 공제율의 경우 일반 투자, 신성장ㆍ원천기술 사업화시설 투자, 국가전략기술 사업화시설 투자 모두 10%로 상향함(조세특례제한법 제24조 제1항 개정).

• 벤처기업 복수의결권주식 취득 관련 과세특례 신설

• 벤처기업 창업주가 신주(복수의결권) 납입대금으로 구주(1의결권, 보통주) 현물출자시, 양도소득세를 신주의 보통주 전환(예컨대, 복수의결권주식 존속기간 만료, 복수의결권주식 상속양도, 벤처기업의 상장 등)시까지 과세이연 함(조세특례제한법 제47조 신설).

• 수도권 내 이전에 대한 소득세ㆍ법인세 감면대상 축소

• 기존에는 중소기업이 수도권 과밀억제권역 밖으로 공장을 이전하는 경우 소득세 또는 법인세를 감면했으나, 향후에는 수도권 밖의 지역 또는 수도권의 인구감소지역으로 이전하는 경우에만 감면하는 것으로 명확히 함(조세특례제한법 제63조 제1항, 제2항 개정).

• 수도권 밖으로 공장ㆍ본사를 이전하는 기업의 감면요건 정비

• 공장ㆍ본사를 지방으로 이전하는 기업에 대한 법인ㆍ소득세 감면 대상에서 공장시설 및 본사를 이전하기 위해 조업 중단 및 이전등기일이 속하는 과세연도 개시일부터 소급해 10년 이내에 감면을 적용받은 기업은 제외함. 이 경우 공장ㆍ본사 이전 전 2년(단, 공장을 이전한 중소기업은 1년) 이상 영위한 업종과 동일한 업종을 영위해야 함(조세특례제한법 제63조 제7항, 제63조의2 제1항 개정).

5. 국세기본법

• 이월된 세액공제액 부과제척기간 특례 신설

• 부과제척기간이 끝난 이후 이월된 세액공제액을 공제하는 경우 그 세액공제액이 발생한 과세기간의 부과제척기간을 세액공제액을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년 연장함 (국세기본법 제26조의2 제3항 개정).

• 경정처분시 경정청구기간 확대

• 납세자의 혼동을 줄이기 위하여 증액결정 및 경정처분이 있는 경우 경정청구기간을 후발적 사유에 의한 경정청구 기간과 같이 3개월로 확대하여 일치시킴(국세기본법 제45조 제1항 개정).

• 세액공제 과소신고 경정청구사유 명확화

• 납세자의 법적 안정성을 제고하기 위해 과세표준 또는 세액의 변동 없이 세액공제액을 과소신고한 경우도 경정청구 사유에 추가함 (국세기본법 제45조의2 제1항 개정).

• 세무조사 사전통지 기간 합리화

• 납세자의 권익보호와 예측가능성을 제고하기 위해 세무조사 사전통지 기한을 조사 시작 20일 전으로 기한을 확대하고, 이의신청·심사청구·심판청구 등의 결정에 따라 재조사하는 경우는 7일 전으로 사전통지 기간을 별도로 규정함 (국세기본법 81조의7 제1항 개정).

6. 국제조세조정에 관한 법률

• 국외거래 경정기한 연장

• 납세자가 국외특수관계인과의 국제거래에서 정상가격을 기준으로 조정한 과세표준 및 세액을 경정청구하는 경우, 경정청구 제출 자료에 정상가격 입증서류를 추가하고, 경정기한을 기존 2개월에서 6개월로 연장하며, 제출자료 미비시 30일 이내 범위에서 보완 요구가 가능하도록 함(국제조세조정에 관한 법률 제6조 개정).

• 금융거래에 암호화자산 거래 추가

• 암호화자산을 이용한 조세회피를 방지하고 조세 투명성을 강화하기 위해 금융거래 범위에 ‘암호화자산을 대상으로 하는 거래’를 추가하여 국가 과세관청 간 교환되는 금융정보의 범위에 ‘암호화자산 거래내역 등’이 포함될 수 있도록 함 (국제조세조정에 관한 법률 제36조 개정).

• 글로벌최저한세 결손 특례 신설

• 각 사업연도 구성기업의 조정대상조세를 계산할 때 총이연법인세조정 금액을 계산하는 대신에 대통령령으로 정하는 금액을 이연법인세자산으로 보는 글로벌최저한세 결손 취급 특례를 구성기업의 소재지국별로 적용할 수 있도록 함(국제조세조정에 관한 법률 제67조 제4항 신설).

• 글로벌최저한세 정보신고서 제출기한 특례

• 글로벌최저한세정보신고서의 신고기한이 2026. 6. 30. 전에 도래하는 경우 2026. 6. 30.까지 신고하도록 기한을 연장하여, 글로벌최저한세정보신고서의 제출 및 추가세액배분액의 신고는 사업연도 종료일부터 15개월(최초적용연도의 경우 18개월)이 되는 날과 2026. 6. 30. 중 늦은 날까지 하도록 함(국제조세조정에 관한 법률 제83조 제1항·제4항 개정, 제84조 제1항 개정).

7. 정부안 수정 및 부결 사항

• 주주환원 촉진세제 도입 → 삭제

[정부안]: 주주환원을 확대한 기업에 대한 법인세 세액공제, 개인주주에 대한 배당소득분리과세

• 통합고용세액공제 지원방식 개선 → 현행 유지

[정부안]:

• 상시근로자 중심의 지원이 아닌 근로기간 등 특성을 반영하여 지원하며, 계속고용의 경우 고용 증가 인원에 대한 지원액을 상향하여 총 지원액을 확대하고, 탄력고용의 경우 인건비 지출 증가분에 대해 정률 지원하여 임시적ㆍ초단시간 근로자까지 지원 대상을 확대

• 고용유지 의무와 추징 규정은 폐지하되(사후 관리 폐지), 고용 유지시 1년 추가 공제로 대체하여 고용 유인을 제공하고, 계속고용은 과세연도말 기준 1년 이상 계속 근로한 자의 수로 계산함

[현행]: 상시근로자수 증가시 중소·중견 3년, 대기업 2년간 공제하되, 세액공제 후 2년 내 상시근로자수 감소하는 경우 감소인원 만큼 추징

• 채용시 세제지원 대상 경력단절자 범위 확대 → 현행 유지

[정부안]: 채용시 세제지원 대상의 경력단절자 요건을 남성까지 확대하고, 동일업종 취업 요건을 폐지

[현행]: 경력단절 “여성”에 한하여 채용시 세액공제 우대

• 해외자원개발투자 세액공제 적용범위 확대 → 현행 유지

[정부안]: 안정적인 자원 공급망 구축을 위해 외국자회사를 통한 채굴권ㆍ조광권 등 취득에 대한 해외자원개발투자 세액공제 지원 요건을 완화

• 둘 이상의 내국인이 공동으로 100% 출자한 외국자회사 포함

• 지분율 산정시 외국자회사 소재지국 법령에 의해 소재지국 정부가 의무적으로 보유하도록 규정하는 지분제외

[현행]: 외국자회사를 통한 광업권 등 해외자원개발 투자시 100% 출자한 자회사만 허용

• 상속세 및 증여세 최고세율 인하 및 최저 과표구간 확대 → 현행 유지

[정부안]:

• 하위 과세표준 구간(10% 세율 적용 구간) 확대(1억원 이하 → 2억원 이하)

• 최고세율 40%로 하향 조정

[현행]:

• 최저 과표구간 1억원 이하로 유지

• 최고세율 과세표준 30억원 초과시 50%

• 상속세 자녀공제 확대 → 현행 유지

[정부안]: 자녀 1인당 자녀공제 금액을 5억원으로 확대

[현행]: 자녀 1인당 5천만원

• 밸류업·스케일업·기회발전특구 창업·이전 기업에 대한 가업상속공제 확대 → 현행 유지

[정부안]: 밸류업, 스케일업 및 기회발전특구 창업ㆍ이전 기업에 대해 가업상속 공제 대상을 중소기업ㆍ중견기업 전체로 상향하고, 공제한도를 상향(벨류업, 스케일업 우수기업은 공제한도 2배 확대, 기회발전특구 창업ㆍ이전 기업은 한도 없이 공제 가능)

[현행]: 중소·중견기업의 일정 요건에 해당하는 가업을 상속한 경우 일정한 가업상속 재산가액을 상속세 과세가액에서 공제

• 최대주주등 보유주식 할증평가 폐지 → 현행 유지

[정부안]: 상속ㆍ증여재산을 평가할 때 최대주주등의 보유주식에 대한 할증평가(20%) 폐지

[현행]: 최대주주등의 보유주식에 대해 할증평가(20%)

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